Bioinformatics

Molecular biology is experiencing the paradigm change, having become data-rich science. It has become possible to study the cell as a whole, to analyze all metabolic pathways or regulatory interactions simultaneously. Bioinformatics is a key tool of obtaining new knowledge from large-scale, so-called "omics" data. New methods are needed to derive biological facts from huge amounts of data, on the top of technical issues of storage and transmission. Analyzing omics data we can predict the functions of genes and the regulation of their expression.

At the ultimate step, bioinformatic approaches allow one to predict the properties of the organism given its genome; to a large extent this problem has already been solved for bacteria. From the fundamental point of view, bioinformatics unites with molecular evolution and comparative genomics in its attempts to understand the mechanisms of evolution of proteins, genes, regulatory networks and entire genomes.

Topics of the Platform

  • data analysis in molecular biology,
  • bioinformatic algorithms,
  • transcriptomics,
  • regulation of gene expression,
  • RNA secondary structure,
  • chromatin 3D structure,
  • functional annotation of genes and genomes,
  • comparative genomics,
  • molecular evolution.

Пятница, 20 сентября, 9.00–11.00

Шатёр

Руководитель секции: Михаил Гельфанд

 

9.00 – 9.40   

Тандемные альтернативные сайты сплайсинга вероятно являются сплайсинговым шумом

Степан Денисов

9.40 – 10.20

Методы анализа данных в применении к пространственной структуре ДНК

Мария Попцова

10.20 – 11.00           

Глубокие нейронные сети как инструмент для поиска биологически интересных эффектов в нуклеотидных последовательностях

Зоя Червонцева

 

Пятница, 20 сентября, 11.30–13.30

Шатёр

Руководитель секции: Егор Базыкин

 

11.30 – 12.10   

Эпистатические взаимодейтвия в белках  Schizophyllum commune

Анастасия Столярова

12.10 – 12.50

Сравнение линий Drosophila melanogaster, отбираемых на пониженную приспособленность, и линий без отбора

Галина Клинк

12.50 – 13.30           

Поиск и анализ признаков ассортативного скрещивания в геноме человека

Иван Кузнецов

 

Суббота, 21 сентября, 11.30–13.30

Культурно-развлекательный центр, 2 этаж, кинозал

Руководитель секции: Алексей Пенин

 

11.30 – 12.10   

Судьба гомеологичных генов после недавней полиплоидизации на примере Capsella bursa-pastoris

Анна Клепикова

12.10 – 12.50

ICML- алгоритм для межвидовой классификации генов на основе экспрессионных профилей

Артем Касьянов

12.50 – 13.30           

Метаболическое профилирование микробиома кишечника человека

Станислав Яблоков

 

Биоинформатика: постеры

Б1. Evolution of Transcriptional Regulation of Histidine Biosynthesis and Uptake Genes in Gram-positive Bacteria. German Ashniev.

Б2. Barcoding Binary Phenotypes Reveals Evolutionary Patterns in Complex Microbial Communities. Stanislav Iablokov.

Б3. Assesement of a signature quality by its separation ability in a distance matrix. Alexey Stupnikov.

Б4. Консервативность неконсенсусных позиций в сайтах связывания факторов транскрипции. Евгения Белоусова.

Б5. Фазирование гаплотипов Capsella bursa-pastoris с использованием референсной сборки генома C. bursa-pastoris. Денис Омельченко.

Б6. Геномные перестройки в Shigella spp. Заира Сефербекова.

Б7. The relationship between DNA secondary structures, epigenetic markers and structural somatic mutations in cancer genomes. Anna Kurilovich.

Б8. Роль CpG метилирования квадруплексов в эпигенетической регуляции. Мария Попцова.

Б9. Chromatin structure changes during Drosophila spermatogenesis. Anna Kononkova.

Б10. Глубинные нейронные сети для распознавания участков Z-ДНК и их паттернов ассоциации с гистонными метками. Мария Попцова.

Б11. Структура и эволюция мульти-хромосомных бактериальных геномов Vibrio spp. Перевощикова Кристина.

Б12. The investigation of complete mitochondrial genomes of sunflower species. Maksim Makarenko.

Б13. Влияние белка Tat вируса иммунодефицита человека (HIV-1) на клеточные процессы в B-лимфоцитах. Анна Валяева.

Б14. Биоинформатический анализ РНК-ДНК взаимодействий. Анастасия Жарикова.

Б15. Эволюция операторных участков в лямбдоидных фагах. Дарья Быкова.

Б16. Prediction of structural susceptibility of proteins to regulatory proteolysis. Vjacheslav Safronov.

Б17. Эволюция сдвигов рамки считывания в транскриптомах инфузорий. Софья Гайдукова.

Б18. Влияние редактирования мРНК на процесс трансляции у мягкотелых головоногих моллюсков. Дарья Ногина.

Б19. Слияние бактериальных видов с помощью пангеномного анализа. Dilfuza Djamalova.

Б20. Оценка доли CpG динуклеотидов находящихся под негативным отбором в геноме человека с помощью модели эволюции на основе Марковских цепей учитывающей обратные замены. Владислав Белоусов.

Б21. Определение расположения нуклеосом в геноме Saccharomyces cerevisiae методами машинного обучения. Дарья Афентьева.

Б22. Распознавание общих и тканеспецифичных паттернов ассоциации квадруплексов и модификаций гистонов моделями глубинного обучения. Арина Ностаева.

Б23. Эволюция архитектурных РНК млекопитающих. Дмитрий Мыларщиков.

Б24. Паттерны изменений хроматиновых взаимодействий в раннем эмбриогенезе Drosophila melanogaster. Николай Быков.

Б25. Ion channels in nematode excitable tissues. Georgy Slivko-Koltchik.

Б26. Гомологичная рекомбинация в базовом геноме E.coli. Роберт Афасижев.

Б27. Chromatin Space Structure Prediction using Machine Learning. Michal Rozenwald.

Б28. Мутационные подписи в геномах рода Brucella. Мария Волобуева.

Б29. Epigenetic changes induced by HPV integration in oropharyngeal cancer. Vera Mukhina.

Б30. Evolution of germline mutation spectra among great apes. Egor Semenchenko.

Б31. G-quadruplexes and loops in chromatin of Dictyostelium discoideum. Irina Zhegalova.

Б32. Сравнительный анализ геномных данных ангидробиотических комаров-звонцов. Нурислам Шайхутдинов.