Биоинформатика

В последние годы молекулярная биология переживает смену парадигмы — она становится, точнее, уже стала, наукой, богатой данными. Впервые оказывается возможным посмотреть на работу клетки в целом, проанализировать одновременно все метаболические пути или регуляторные взаимодействия. Биоинформатика является ключевым источником нового знания, получаемого из массовых, так называемых «омиксных» данных. При этом не просто решаются технические вопросы хранения и передачи огромных объемов данных, но и разрабатываются методы, позволяющие делать на основе этих данных содержательные биологические утверждения. С другой стороны, анализ таких данных позволяет предсказывать функции конкретных генов и то, как регулируется их работа.

В конечном счете, использование биоинформатических методов позволяет предсказывать свойства организма по его геному: эта задача уже может быть решена для бактерий. С фундаментальной же точки зрения, биоинформатика смыкается с молекулярной эволюцией и сравнительной геномикой в попытках понять механизмы эволюции белков, генов, регуляторных сетей и целых геномов.

Темы платформы

  • data analysis in molecular biology,
  • bioinformatic algorithms,
  • transcriptomics,
  • regulation of gene expression,
  • RNA secondary structure,
  • chromatin 3D structure,
  • functional annotation of genes and genomes,
  • comparative genomics,
  • molecular evolution.

 

Пятница, 20 сентября, 9.00–11.00

Шатёр

Руководитель секции: Михаил Гельфанд

 

9.00 – 9.40   

Тандемные альтернативные сайты сплайсинга вероятно являются сплайсинговым шумом

Степан Денисов

9.40 – 10.20

Методы анализа данных в применении к пространственной структуре ДНК

Мария Попцова

10.20 – 11.00           

Глубокие нейронные сети как инструмент для поиска биологически интересных эффектов в нуклеотидных последовательностях

Зоя Червонцева

 

Пятница, 20 сентября, 11.30–13.30

Шатёр

Руководитель секции: Егор Базыкин

 

11.30 – 12.10   

Эпистатические взаимодейтвия в белках  Schizophyllum commune

Анастасия Столярова

12.10 – 12.50

Сравнение линий Drosophila melanogaster, отбираемых на пониженную приспособленность, и линий без отбора

Галина Клинк

12.50 – 13.30           

Поиск и анализ признаков ассортативного скрещивания в геноме человека

Иван Кузнецов

 

Суббота, 21 сентября, 11.30–13.30

Культурно-развлекательный центр, 2 этаж, кинозал

Руководитель секции: Алексей Пенин

 

11.30 – 12.10   

Судьба гомеологичных генов после недавней полиплоидизации на примере Capsella bursa-pastoris

Анна Клепикова

12.10 – 12.50

ICML- алгоритм для межвидовой классификации генов на основе экспрессионных профилей

Артем Касьянов

12.50 – 13.30           

Метаболическое профилирование микробиома кишечника человека

Станислав Яблоков

 

Биоинформатика: постеры

Б1. Evolution of Transcriptional Regulation of Histidine Biosynthesis and Uptake Genes in Gram-positive Bacteria. German Ashniev.

Б2. Barcoding Binary Phenotypes Reveals Evolutionary Patterns in Complex Microbial Communities. Stanislav Iablokov.

Б3. Assesement of a signature quality by its separation ability in a distance matrix. Alexey Stupnikov.

Б4. Консервативность неконсенсусных позиций в сайтах связывания факторов транскрипции. Евгения Белоусова.

Б5. Фазирование гаплотипов Capsella bursa-pastoris с использованием референсной сборки генома C. bursa-pastoris. Денис Омельченко.

Б6. Геномные перестройки в Shigella spp. Заира Сефербекова.

Б7. The relationship between DNA secondary structures, epigenetic markers and structural somatic mutations in cancer genomes. Anna Kurilovich.

Б8. Роль CpG метилирования квадруплексов в эпигенетической регуляции. Мария Попцова.

Б9. Chromatin structure changes during Drosophila spermatogenesis. Anna Kononkova.

Б10. Глубинные нейронные сети для распознавания участков Z-ДНК и их паттернов ассоциации с гистонными метками. Мария Попцова.

Б11. Структура и эволюция мульти-хромосомных бактериальных геномов Vibrio spp. Перевощикова Кристина.

Б12. The investigation of complete mitochondrial genomes of sunflower species. Maksim Makarenko.

Б13. Влияние белка Tat вируса иммунодефицита человека (HIV-1) на клеточные процессы в B-лимфоцитах. Анна Валяева.

Б14. Биоинформатический анализ РНК-ДНК взаимодействий. Анастасия Жарикова.

Б15. Эволюция операторных участков в лямбдоидных фагах. Дарья Быкова.

Б16. Prediction of structural susceptibility of proteins to regulatory proteolysis. Vjacheslav Safronov.

Б17. Эволюция сдвигов рамки считывания в транскриптомах инфузорий. Софья Гайдукова.

Б18. Влияние редактирования мРНК на процесс трансляции у мягкотелых головоногих моллюсков. Дарья Ногина.

Б19. Слияние бактериальных видов с помощью пангеномного анализа. Dilfuza Djamalova, Mikhail Moldovan.

Б20. Оценка доли CpG динуклеотидов находящихся под негативным отбором в геноме человека с помощью модели эволюции на основе Марковских цепей учитывающей обратные замены. Владислав Белоусов.

Б21. Определение расположения нуклеосом в геноме Saccharomyces cerevisiae методами машинного обучения. Дарья Афентьева.

Б22. Распознавание общих и тканеспецифичных паттернов ассоциации квадруплексов и модификаций гистонов моделями глубинного обучения. Арина Ностаева.

Б23. Эволюция архитектурных РНК млекопитающих. Дмитрий Мыларщиков.

Б24. Паттерны изменений хроматиновых взаимодействий в раннем эмбриогенезе Drosophila melanogaster. Николай Быков.

Б25. Ion channels in nematode excitable tissues. Georgy Slivko-Koltchik.

Б26. Гомологичная рекомбинация в базовом геноме E.coli. Роберт Афасижев.

Б27. Chromatin Space Structure Prediction using Machine Learning. Michal Rozenwald.

Б28. Мутационные подписи в геномах рода Brucella. Мария Волобуева.

Б29. Epigenetic changes induced by HPV integration in oropharyngeal cancer. Vera Mukhina.

Б30. Evolution of germline mutation spectra among great apes. Egor Semenchenko.

Б31. G-quadruplexes and loops in chromatin of Dictyostelium discoideum. Irina Zhegalova.

Б32. Сравнительный анализ геномных данных ангидробиотических комаров-звонцов. Нурислам Шайхутдинов.